HiFiasm使用教程

HiFiasm

1.HiFiasm的使用

(1) 参考语法

HiFiasm -o a -t 32 test.fasta

(2) 参数解释

-o 输出文件前缀
-t 使用进程数

(3) gfa转化为fa

hifiasm生成GFA格式,需要转化为fasta格式
 awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' test.p_ctg.gfa > test.p_ctg.fa

2.结果解读

.p_ctg.gfa:primary contigs的组装