mummer使用教程

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mummer

1.nucmer

用于对两个基因组组装进行比较

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nucmer -c 200 -g 200 ref.fa query.fa

2.delta-filter

用于过滤噪声

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delta-filter -i 90 -l 2000 -m out.delta > out.filter

3.mummerplot

用于将nucmer得到的数据可视化

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mummerplot --png -p test_plot out.filter